2020년 보건복지부 소관 제3회 추가경정예산은 1조888억원으로, △K-방역 역량 및 연구개발(R&D) 투자 강화 △감염병 비대면 기반(인프라) 구축 등 한국판 뉴딜 △일자리 및 사회안전망 확충 등이 주요 내용이며, 국회 심의 과정에서 정부안(1조542억원) 대비 346억원 증액됐다.

증액 내용은 △62∼64세 대상 인플루엔자 국가예방접종(+224억원) △코로나19 대응 의료인력 등 지원(+120억원) △감염병 역학조사 통합정보시스템 구축(+2억원) 등이다.　

【K-방역 역량 및 연구개발(R&D) 투자 강화】
코로나19 재유행 가능성 등에 대비해 14~18세, 62~64세 대상 인플루엔자 국가예방접종을 확대(455만명, +489억원)하고, 레벨D 보호복, 마스크 등 방역물품을 비축(+2,009억원)한다.

지역 현장에서 신속한 진료 등을 위해 67개 보건소에 상시 음압 선별 진료소를 신축(+102억원)한다.

코로나19로 매출액이 급감해 경영이 어려운 의료기관에 제1회 추경(4,000억원)에 이어 융자를 추가 지원 (+4,000억원)한다.

코로나19 치료제·백신 임상시험 전주기 지원, 방역장비 고도화, 국립 바이러스·감염병 연구소 인프라 확충 등 관련 연구개발(R&D)을 확대(+1,404억원)한다.

【감염병 비대면 인프라 구축 등 한국판 뉴딜】
5G 네트워크, 모니터링 장비 등을 활용해 병원 내 감염 위험을 최소화하고, 효율적 진료가 가능한 스마트병원을 구축(3개소, +60억원)한다.

호흡기 환자에 대한 안전한 진료체계를 마련하고 2차 유행 가능성에 대비한 호흡기전담클리닉을 설치(500개소, +500억원)한다.

ICT 기기를 활용해 동네의원과 보건소를 통한 건강관리 사업을 확대한다.

【일자리 및 사회안전망 확충】
보건소, 병원급 의료기관에 방역지원 등을 위한 한시적인 일자리를 지원(6,312명, +583억원)한다.

긴급복지 지원요건 완화 기간을 연장(7월→연말)해 생계를 위협받는 저소득 가구에 대한 지원을 확대(+3만 가구, +527억원)한다.

추가경정예산(안)에 따라 2020년 보건복지부 총지출은 86조1650억원에서 87조1461억원으로 증가했다.

한편, 코로나19로 집행이 곤란한 사업 등 지출구조조정으로 1,077억원을 감액해 추경 재원으로 활용할 예정이다.